Le dernier seigneur de Villennes, Pierre Gilbert de Voisins est guillotiné en novembre 1793.

En 1796, une maison commune", comprenant également l'école ainsi que le logement des instituteurs et du curé, est établie dans l'ancienne maison des Sœurs de Nevers, qu'un testament de la veuve du seigneur a chargées, en 1777, de l'instruction des filles et des soins aux pauvres malades.

Villennes en 1800 : l'avènement du Consulat entraîne également des changements au plan local. Comme dans toutes les communes, un conseil municipal est nommé par le préfet ; les nobles émigrés reviennent dans leurs anciens domaines.

Le gendre de Pierre Gilbert de Voisins, le vicomte d'Osmond, fait raser, à son retour d'exil, le château qui est fortement délabré, à l'exception de ses dépendances, qu'il fait transformer pour y habiter.

Ce nouveau château de Villennes aura ensuite d'autres propriétaires, dont Jean Baptiste Paradis qui fera aménager le parc.

  

Succédant aux trois premiers maires nommés depuis 1792, le vicomte devient maire de Vilaines en 1807 puis à nouveau pendant la Restauration. Les maires et les conseillers municipaux, issus d'anciennes familles de Villennes, sont souvent des agriculteurs ; dans les premières années du XIXe siècle, il est le propriétaire de la ferme de Marolles, tandis que son adjoint est vigneron. D'abord nommés par le préfet, les maires sont ensuite élus au suffrage universel à partir de 1848.

  

En 1803, est planté le Sophora, qui devient un arbre de très grandes proportions et l'une des attractions de Villennes, alors que différents régimes politiques se succèdent en France.

Le moulin qui était établi sur le pont est emporté par les eaux en 1818 ; reconstruit ensuite, ses vestiges existent encore à la fin du XIXe siècle ; d'autres moulins sont alors situés entre celui-ci et Migneaux, certains construits sur des bateaux mobiles.

La ligne de chemin de fer est inaugurée en mai 1843, mais il faut attendre octobre de l'année suivante pour que 3 trains s'arrêtent chaque jour à la halte de Villennes. Sa fréquentation augmentera de manière très importante (environ deux cent mille voyageurs en 1896).

La guerre de 1870 nécessite une souscription puis un emprunt afin que la commune puisse payer les impôts levés par les occupants. Suite aux lois sur l'instruction publique, à l'initiative de Jules Ferry, et aux subventions qui les accompagnaient, l'enseignement se développe : une mairie-école et l'école de Breteuil sont inaugurées en 1887.