Des vestiges, notamment d'anciennes sépultures, qui ont été découverts dans le parc du château d'Acqueville, pourraient être de l'époque mérovingienne. Il n'y a toutefois aucune trace d'une villa gallo-romaine qui, selon des historiens du passé, aurait été à l'origine du nom du village de Vilaines (ou Villaine). Par contre, nous avons pu transcrire et traduire des textes que nous avons découverts sur des parchemins du Moyen-Age dans les archives départementales : ils mentionnent des masures de paysans, qui furent ensuite nommés vilains ; nous pensons que la dénomination de notre village provient du nom latin villanas de ces premières habitations.

L'histoire de la Gaule puis celle de la France nous font imaginer la vie des paysans qui habitent alors cette localité, les périodes de tranquillité alternant avec les années de famine, d'épidémies et de guerre.

La position de Vilaines au bord de la Seine lui fait subir les pillages de bandes armées et les assauts d'envahisseurs remontant son cours à différentes époques (Normands de 837 à 911, Anglais en 1346 au début de la Guerre de cent ans) ; notre région est également le lieu de combats entre Anglais, Armagnacs et Bourguignons pendant cette guerre.

L'église Saint Nicolas est l'unique bâtiment restant de cette période :

édifiée à partir de l'année 1082, dans le style roman, elle est remaniée plusieurs fois ensuite.

A partir de la fin du Moyen-Age, des documents nous permettent de connaître 13 seigneurs, qui se succèdent jusqu'à la Révolution : les familles Brinon, Perdrier et Bourdin de petite naissance, alliées par plusieurs mariages jusqu'aux Gilbert de Voisins, dont deux ont la charge de président au Parlement de Paris ; le dernier sera guillotiné après son retour d'exil.

Pendant le règne de Louis XIV, à part les paysans qui travaillent dans la ferme de Marolles et celle de Beaulieu, appartenant au seigneur, on ne trouve à Vilaines que des vignerons, ainsi que des plâtriers et des carriers. Les nombreuses vignes seront une richesse de la commune jusqu'en 1899, lorsqu'elles seront anéanties par le phylloxéra comme tous les vignobles de la région ; les carrières de gypse et d'argile seront exploitées jusqu'en 1914, pour la fabrication artisanale de plâtre et de tuiles.

Le logis seigneurial est, depuis la Renaissance, un beau château comprenant un grand parc, situé entre la Seine et le village.

Le plan d'intendance (cadastre de Bertier de Sauvigny), établi en 1786, restitue avec précision la disposition des différentes parties de la paroisse de Villaine à cette époque.

Deux autres domaines voisins ont leur propre château : Hacqueville ou Acville (Acqueville), Mignoz ou Mignot (Les Migneaux) ; l'un existe toujours, l'autre ayant été malheureusement détruit.